同时，上世纪80年代以来，政府拨款占公共卫生机构总收入的比例也逐渐下降。据全国卫生部门的决算统计，1990年以来，政府预算拨款占防治防疫机构的收入比例从59%下滑至2002年的42%。妇幼保健机构中的这一比例从56%下降到27%，幅度更为明显。
1980年以前，乡镇卫生院提供预防保健服务的所有经费均有政府经费补偿，但到了1993年，政府经费只能补偿人员工资支出的60%。乡镇卫生院和村卫生室的生存出现困难，机构和人员极不稳定。仅2001年，全国乡镇卫生院就比上年减少了1139个，乡村医生和卫生员减少了3万人。
更严重的是，公共卫生机构不得不谋求“开源节流”。“开源”就是创收，比如对必须提供的服务从免费改为收费，如计划免疫等；“节流”就是缩减原来免费提供的公共卫生服务项目，如疾病监测、健康教育等。
萧庆伦对此评论说：“20多年来中国整个疾病预防体系，特别是农村的疾病预防体系逐渐崩溃。没有人乐意和专心做卫生和疾病监督；很少对保健、卫生人员进行专业培训；流行病发生多少、程度如何、如何上报、如何应对，这些机制已经完全缺失了。”
缺少经费、缺少机构、缺少人员、缺少保障——非典型性肺炎呈现出的中国公共卫生现状令人心惊肉跳。
从脆弱的公共卫生体系纵深看去，中国医疗卫生事业的发展路径引起社会广泛关注。于是，公众“看病难、看病贵”的呼声开始响亮，“小病拖、大病扛”、“一人得病，几代受穷”等民谚迅速流传。
卫生体制罹患“美国病”
在实行计划经济的上世纪六七十年代，中国农村依靠赤脚医生、农村合作医疗和农村医疗卫生预防保健网这“三大法宝”，向农民提供最基本的公共卫生保障，其成就被世界卫生组织和世界银行誉为“以最少投入获得了最大健康收益”的“中国模式”。
在改革开放启程的1978年，中国的GDP仅为3000多亿元。在非典型性肺炎肆虐之时，中国的GDP已突破10万亿人民币。收入增加了，维护健康却难了、贵了。在香港中文大学王绍光教授看来，这是因为中国的医疗卫生体制似乎患上了“美国病”：医疗费大幅攀升、医疗服务非常不公平，医疗资源利用效率低下、人们的健康指标停滞不前甚至恶化。
王绍光在非典型性肺炎爆发后撰写的《中国公共卫生的危机与转机》一文，竟一时洛阳纸贵。
公众纷纷反思中国医疗卫生体制改革，矛头指向之一，即改革开放以来政府部门对卫生事业“产业化”、“市场化”的改革倾向。