同时，新医改意见要求城乡基层医疗卫生机构应全部配备、使用基本药物，其他各类医疗机构也要将基本药物作为首选药物并确定使用比例。基本药物全部纳入基本医疗保障药物报销目录，报销比例明显高于非基本药物。
针对《意见》提出我国将建立基本药物制度的决定，葛延风说，国外很多国家都建有基本药物制度，推进这一制度旨在降低费用，是保证老百姓有药可用，用得起药，能合理用药的手段。
李玲说，以前我国有医保药物目录，没提出过基本药物制度，这个决定具有划时代的意义，但“基本”是动态的，随着经济社会的发展其内涵也会有变化。
世界卫生组织认为，312种西药可以治疗80％以上的疾病。我国正制定国家基本药物目录，估计将有数百种，其中包括中药。
增设药事服务费
推行医药分开
《意见》指出，通过实行药品购销差别加价、设立药事服务费等多种方式逐步改革或取消药品加成**，同时采取适当调整医疗服务价格和增加政府投入等措施完善公立医院补偿机制。
药事服务费主要用于补偿其向患者提供药品处方服务的合理成本，与销售药品的金额不直接挂钩。
深化医药卫生体制改革部际协调小组办公室主任胡祖才认为，这将从体制机制上切断医院收支与药品销售的联系，规范用药行为，减轻群众用药负担。
中国社会科学院研究员余晖说，对于患者来说，虽然增加了几元钱的药事费支出，但却大大减轻了医院以往多开药、开高价药带来的负担。而调整部分技术服务收费标准，使其真正反映医疗服务成本，将体现医务人员的技术和劳务价值，调动医务人员积极性。
医院改革怎么进行
国家鼓励和引导社会资本发展医疗卫生事业
《意见》指出，国家鼓励和引导社会资本发展医疗卫生事业，积极促进非公立医疗卫生机构发展，形成投资主体多元化、投资方式多样化的办医体制。