在2009年初国务院审议并原则通过的《关于深化医药卫生体制改革的意见》和《2009～2011年深化医药卫生体制改革实施方案》中，明确提出了初步建立国家基本药物制度的要求。国家基本药物制度的确立，将对城市社区卫生服务机构和农村基层医疗机构带来很大的影响。
日前，部分地区基层社区医生和管理人员从自身实际情况出发指出，基本药物目录的推行将给社区发展带来一定影响。有专家指出，社区应“趋利避害”，充分利用国家基本药物制度带来的利好。
科学遴选基本药物目录
华中科技大学同济医学院医药卫生管理学院张新平教授认为，推行国家基本药物制度会给社区卫生服务机构和农村基层医疗机构带来许多积极的影响，包括提高其医疗质量，减少医疗风险，增加门诊量等。基本药物制度的实施，更有利于落实社区基层医疗机构本身的功能要求，有利于其持续性发展。此外，政府也可能为此给基层医疗机构更多的财政**。
事实上，早在2008年10月21日召开的“建立国家基本药物制度，保证群众基本用药”研讨会上，卫生部一官员指出，我国确立了基本药物制度7个基本**框架，其中包括在基层医疗卫生机构全部使用基本药物、完善基本药物的支付报销机制等基本**。
这次会议还提出，公共卫生服务和应急救助使用的基本药物主要由政府支付，基本医疗服务中使用的基本药物由政府、社会和居民三方合理分担费用，基本药物全部纳入基本医疗保障体系药物报销目录，报销比例应高于非基本药物。
另有专家指出，相对于“看得见”的利益，建立规范、科学的基本药物目录遴选和调整机制也为社区基层带来了“看不见”的好处。遴选科学的基本药物目录是建立国家基本药物制度的第一步，应按照“安全有效、价格适当、使用方便、中西医并重”等原则，合理确定我国基本药物品种和数量，包括临床基本用药、疫苗、血液制品等，并建立动态管理机制，不断优化基本药物品种与结构。这将使社区基层用药更加趋于科学合理。
有消息灵通人士称，“新医改”对于城市社区卫生服务机构、乡镇卫生院和村卫生室等基层医疗卫生机构的基本药物使用的要求，已由“应全部使用”悄然改变为“应全部配备使用”，这是因为“全部使用”会对社区基层带来不小的影响。