北京市疾控中心进一步完善手足口病、人禽流感、季节性流感病原学监测方案。
医疗机构除依法及时进行传染病网络直报外，对住院的手足口病患儿要实行报告制度。每日下午4时前，将住院病人的相关情况通报登录北京市卫生信息网专题栏目“北京市卫生局医政管理系统”。
社区卫生服务机构要对辖区内的每一例手足口病例进行传染病跟踪访视。根据情况对密切接触的儿童及家长进行居家隔离和医学观察，建立居家医学观察病例档案、发放手足口病居家医学观察及护理指南，督导防控措施的落实。
各区县托幼机构、小学等要严格晨午检制度。发现可疑手足口病患儿，应及时送诊并追踪患儿病情信息，向当地疾控机构报告，对患儿的食具、用具、玩具、公共用品进行消毒，防止疫情扩散，按照卫生部的意见，托幼机构一周内发生20例手足口病病例或2例以上重症病例时，要关闭2周。
各区县卫生局要完善手足口病医疗救治专家组，市级专家组负责拟定手足口病诊疗规范，对重症患儿诊断治疗和抢救提供技术支持。
北京地坛医院、佑安医院为手足口病重症病例救治指定医院。
北京儿童医院、首都儿科研究所附属儿童医院要做好支援指定医院的医护队伍组建工作。