9月6日，卫生部医政司组织专家开始对北京等22个省（区、市）的抗菌药物临床应用专项整治活动开展情况进行督导检查，督查时间是9月6日~9月15日。
对省级卫生行政部门的检查内容包括：是否制订抗菌药物临床应用专项整治活动工作方案并进行相关培训；是否建立抗菌药物临床应用监测网和细菌耐药监测网，并定期公布抗菌药物临床应用情况和细菌耐药监测情况；对违规违纪医疗机构和医务人员的查处情况等。
对医疗机构的检查内容有：是否制订专项整治活动工作方案并进行相关培训；是否对医师进行考核合格后才授予其相应级别的抗菌药物处方权；是否明确各级医师使用抗菌药物的处方权限；是否对不合理用药医师和使用量、使用金额排名前10位的抗菌药物品种进行公示等。
今年4月，卫生部颁布的《2011年全国抗菌药物临床应用专项整治活动方案》和《抗菌药物临床应用管理办法》（征求意见稿），被称为“史上最严”的抗菌药物新规。