“以同行评议的方式进行。”“复旦版”医疗排行榜定出了规矩。在此基础上，该研究所从专家库抽取27个临床专科的1824名国内著名专家，通过发信并电话联系邀请担任评审专家。评审专家综合考虑学科建设、临床技术与医疗质量、科研水平等因素，提名本专业领域内排名第一到第五的医院。根据专家的排名，得出了该专科领域的各医院平均声誉分值，通过排序产生平均声誉分值的前五位医院和获得提名的医院名单。
在最佳专科声誉排行榜的基础上，根据每所医院获得的各专科声誉排名，得出该医院所有专科声誉得分。在科研学术得分部分，列入了2009年国家科技进步二等奖及以上的奖项、2009年SCI文章影响因子的分值，进而评出《2009年度中国最佳医院排行榜》。
由于在国内属第一次尝试推出医疗排行榜，会有很多方面考虑不周，也会像已有的许多排行榜一样，引来不同看法。但令“复旦版”操盘者信心倍增的是，第一次专科声誉问卷的有效回复率高达44.3%，远远高于已有传统的美国最佳医院评选的回复率；而且专科排名评选结果与众多医生和患者心目中的预测符合率极高。
“今后，在不断完善的基础上，复旦大学医院管理研究所将每年推出中国最佳专科声誉和最佳医院排行榜。希望排行榜能让医院学科发展有参照对象，患者就医有科学引导。”高解春所长强调说。