2009年6月（2009年6月1日零时至6月30日24时），全国（不含台港澳，下同）共报告法定传染病696966例，死亡1189人。其中，甲类传染病中鼠疫无发病、死亡病例报告，霍乱报告1例，无死亡。乙类传染病除传染性非典型肺炎、脊髓灰质炎、人感染高致病性禽流感和白喉无发病、死亡病例报告外，其余22种共报告发病380872例，死亡1139人；报告发病数居前五位的病种依次为肺结核、病毒性肝炎、痢疾、梅毒和淋病，占乙类传染病报告发病总数的93.64%。
同期，全国共报告丙类传染病发病316093例，死亡50人。报告发病数居前三位的病种依次为手足口病、其它感染性腹泻病和流行性腮腺炎，占丙类传染病报告发病总数的92.91%。